e-Faturanın avantajları arasında en çekici olanı maliyetleri düşürmesidir. Elektronik ortamda çalışan uygulama; zarf, kağıt, mürekkep gibi çeşitli kırtasiye masraflarını ortadan kaldırır. e-Fatura için kağıt kullanılmadığından dolayı; baskı, yazdırma, imzalama, kaşeleme, postalama ve arşivleme gibi ciddi masraflar da ortadan kalkar. Yanlış bilgileri düzeltmenin maliyeti de oldukça düşer. Bununla birlikte, fatura düzenlenmesi, belge karşılaştırması ve eşleştirilmesi gibi işlemlerin de ciddi anlamda azalması sağlanır. Dijital ortamda yapılan işlemler işgücünü de düşüreceğinden çalışan maliyetleri de minimuma iner. Böylece e-fatura, küçük şirketlerin büyümesine yardımcı olur ve büyük şirketlerin tasarruf etmesini sağlar.

e-Faturayı hazırlamak kağıda fatura basmaktan çok daha hızlı bir süreçtir. Tek bir tuş ile e-fatura kesebilirsiniz. Bununla birlikte, e-faturanın hazırlanması, iletimi ve alımı çok daha hızlı gerçekleştiğinden dolayı çalışan zamanından tasarruf edilir. Bir kağıt faturayı hazırlama, kargolama ve karşı tarafın işleme süreçleri yaklaşık 5-7 gün sürerken, e-fatura saniyeler içerisinde hazırlanıp müşteriye iletilebilir.

e-Fatura uygulamasını kullandığınız takdirde, faturalar dijital ortamda arşivleneceğinden onları kaybetmeniz mümkün değildir. Yıllar öncesine ait bir faturayı dosyaların arasında savaş vermeden saniyeler içinde rahatlıkla bulabilirsiniz. Ayrıca, kargo süreçleri ortadan kalktığı için e-faturanın kargoda kaybolması veya müşteriye ulaşmaması gibi bir olasılık yoktur. İşlemler Gelir İdaresi Başkanlığı’nın sistemi aracılığıyla yapıldığından dolayı, gönderilen e-faturanın sistemde kaydı bulunur. 

e-Fatura uygulaması basım ve gönderim süreçlerinde kağıt tüketimini minimuma indirdiğinden dolayı doğa dostu bir uygulamadır. Sürdürebilirliğin bu kadar önemli olduğu bir çağda, kesilen ağaç sayısını azaltmak oldukça kritik bir konudur. Bu anlamda e-fatura uygulaması doğanın korunmasına katkıda bulunur. 

e-Fatura uygulamasının muhasebe sistemiyle entegre edilebilmesi mümkündür. Uygulama; fatura kesme, ulaştırma, arşivleme gibi işlemleri kolaylaştırdığından ve hızlandırdığından dolayı muhasebe işlemlerini de basitleştirir. e-Fatura kullanan bir şirkette finans bölümü hesap takibini anlık süreçlerle gerçekleştirebilir ve şirket mevcut finansal durumu ile ilgili daha sağlıklı verilere hemen ulaşır.